Záverečné práce pre 2015/16 - Bc.
1. Školiteľ: Doc. Ing.Andrej Godány, CSc.
Názov práce: Identifikácia proteínov chvostíkových vlákien aktinofága C 31
Anotácia: Bakteriofágy sú neodmysliteľným nástrojom súčasnej molekulárnej biológie. Bakteriofágy niesú schopné samostanej reprodukcie a ich rozmnožovanie je zabezpečené infekciou špecifických bakteriálnych hostiteľov. Prvým krokom bakteriofágovej infekcie je viazanie fágových receptorových proteínov lokalizovaných na chvostíkových vláknach k rozpoznaným receptorom na povrhu hostiteľskej bunky. Táto receptorová interakcia môže viesť k rôznej špecificite hostiteľkých buniek. Ako vhodný model pre tieto štúdie je aktinofág širokospekrálný aktinofág C 31 schopný infikovať široké hostiteľské spektrum kmeňov streptomycét. Cieľom bakalárskej práce bude bioformatická analýza genómu aktinofága C31, identifikácie génov kódujúcich chvostíkové vlákna a návrh stratégie klonovania v bunkách Escherichia coli.
2. Školiteľ: Doc. RNDr. Peter Siekel, CSc.
Názov práce: Dôkaz sóje, alergénnej zložky potravín, s využitím molekulárno-biologických metód.
Anotácia:Práca bude obsahovať teoretický úvod s prehľadom súčasnej literatúry z oblasti alergénov prítomných v sóji, ich účinkoch pre citlivých jedincov, možností predchádzania a zisťovania problémov z alergií na sóju. Teoretická časť sa ďalej bude zameriavať na sóju (Glycinus max) z hľadiska potenciálnej alergénnosti, na možnosti jej detekcie v rôznym technologickým spôsobom upravených potravinách a prehľad vhodných molekulárno-biologických metód. V praktickej časti práce bude študent extrahovať DNA zo vzoriek so známym obsahom sóje, určí množstvo extrahovanej DNA a uskutoční real-time PCR na detekciu sóje. Výsledky vyhodnotí a spracuje.
3. Školiteľ: RNDr. Barbora Vidová, PhD.
Názov práce: Genomická analýza vzťahu aktinofágov a mykobakteriofágov
Anotácia: Práca sa bude zameriavať na analyzovanie genómov a proteómov aktinofágov voči mykobakteriofágom s cieľom zistenia ich evolučného vzťahu. Bioinformatické a proteomické štúdie sú východiskovým bodom k následnej príprave, charakterizácii a aplikácii špecificky dizajnovaných proteínov s využiteľnými vlastnosťami.
4. Školiteľ: RNDr. Zuzana Šramková, PhD.
Názov práce: Lýtický systém bakteriofága phiC31.
Anotácia: Štúdium genómu streptomycétového fága phiC31 so zameraním na identifikáciu lýtickej kazety. Lýtické enzýmy majú potenciálne využitie v medicíne a potravinárskom priemysle ako antibakteriálne látky.
5. Školiteľ: Prof. Ing. Jozef Timko, DrSc.
Názov práce: Geneticky modifikované organizmy
Anotácia: Ich objav - geneticky modifikované mikroorganizmy, rastliny a živočíchy. Ich využitie pri riešení globálnych problémov ľudstva a to najmä vo farmaceutickom priemysle a v medicíne, v poľnohospodárstve, životnom prostredí a ďalších priemyselných odvetviach. Postoj verejnosti ku GMO.
6. Školiteľ: Ing. Štefan Janeček, DrSc.
Názov práce: Alfa-amylázové enzýmové rodiny GH57 a GH119.
Anotácia: Prehľad zameraný na tzv. druhú alfa-amylázovú rodinu GH57, ktorá obsahuje amylolytické enzýmy (menej ako 10 rôznych špecificít) iba z prokaryotov, z ktorých mnohé sú extremofilné archaeóny (napr. hypertermofily Pyrococcus a Thermococcus alebo metanogen Methanococcus). Jednotlivé enzýmové špecificity je možné od seba odlíšiť špecifickými rozdielmi v ich aminokyselinových sekvenciách, ktoré možno považovať za ich sekvenčné "odtlačky prstov". Rodina GH57 je blízko príbuzná s rodinou GH119, ktorá zahŕňa iba 10 sekvencií (1 charakterizovaná alfa-amyláza).
7. Školiteľ: Ing. Štefan Janeček, DrSc.
Názov práce: Glukanfosfatázy u rastlín a živočíchov zapojené do metabolizmu škrobu a glykogénu.
Anotácia: Prehľad zameraný na glukanfosfatázy, ktoré sú u rastlín a živočíchov zodpovedné za metabolizmus škrobu a/alebo glykogénu. Tieto enzýmy nie sú amylázy. Sú reprezentované proteínom SEX-4 (tzv. Proteín nadbytku škrobu; Starch EXcess protein-4) u rastlín a proteínom laforin (zodpovedný za iniciáciu a rozklad tzv. laforových teliesok pri Laforovom type epilepsie) u živočíchov. Oba proteíny majú homologickú glukanfosfatázovú katalytickú doménu, ale za ich aktivitu voči škrobu a glykogénu je zodpovedná prítomná škrob-, resp. glykogén-viažúca doména: u laforinu tzv. CBM20 na N-konci a u SEX-4 tzv. CBM 48 na C-konci ich proteínovej molekuly.
8. Školiteľ: Doc. Ing. Viera Horváthová, PhD.
Názov práce: Alfa-amylázy schopné degradovať surový, tepelne neupravený škrob.
Anotácia: Prehľad o alfa-amylázach, ktoré majú schopnosť viazať a degradovať surový škrob, t.j. škrob tepelne neupravený k následnej hydrolýze. Sú to alfa-amylázy mikrobiálneho pôvodu - hlavne huby a aktinomycéty. Táto vlastnosť je spravidla viazaná na prítomnosť tzv. škrob-viažúcej domény v proteínovej molekule daných alfa-amyláz. Záujem bude doplnený aj o príbuzné amylolytické špecificity (okrem samotných alfa-amyláz), ktoré tiež majú schopnosť degradácie surového škrobu.
9. Školiteľ: Mgr. Lenka Blažeková, PhD.
Názov práce: Alfa-amyláza v systéme klasifikácie glykozidových hydroláz CAZy.
Anotácia: Prehľad o enzýme alfa-amyláza (EC 3.2.1.1), ktorá je v systéme CAZy (Carbohydrate-ActiveenZymes; https://www.cazy.org/) klasifikovaná v troch rodinách glykozidových hydroláz (GH), ktoré sú založené na rozdieloch v aminokyselinových sekvenciách: (i) rodina GH13 – hlavná alfa-amylázová rodina (cca 20 tisíc členov, 30 rôznych enzýmových špecificít), tvorí s rodinami GH70 a GH77 klan GH-H, rozdelená do 40 podrodín; rodina GH57 - amylolytické enzýmy iba z prokaryotov, cca 1000 členov a menej ako 10 enzýmových špecificít; a (iii) rodina GH119 - iba 10 členov, blízko príbuzná k rodine GH57.
10. Školiteľ: Prof. RNDr. Anna Preťová, DrSc.
Názov práce: Indukcia somatickej embryogenézy kukurice zo segmentov zrelých zygótových embrií.
Anotácia:Proces somatickej embryogenézy je vyjadrením totipotencie každej rastlinnej bunky (ktorá má jadro) za špecifických podmienok. V práci pôjde o indukciu procesu zo zrelých embrií kukurice a aj segmentov embrií a cieľom bude identifikovať, ktorá časť embrya je v procese tvorby somatického embrya responzívnejšia.
11. Školiteľ: Ing. Eva Ürgeová, PhD.
Názov práce: Produkcia výhonkových kultúr Salvia sp.
Anotácia:V literárnom prehľade bude cieľom sumarizovať poznatky o možnostiach pestovania šalvie in vitro. V experimentálnej časti sa študent bude zaoberať podmienkami pestovania výhonkových kultúr rôznych kultivarov šalvie, indukciou tvorby výhonkov v in vitro kultúre.
12. Školiteľ: RNDr. Michal Berčák, PhD.
Názov práce: Proteomika ako efektívny nástroj pri štúdiu regulačných zmien proteínov
Anotácia: Proteomika sa zaoberá hromadným štúdiom proteínov, ich vlastnosťami a funkciou. Takisto prispieva k hľadaniu metabolických dráh, k vývoju liečív a k štúdiu biomarkerov.Cieľom bakalárskej práce bude prehľad literatúry o tom, kde všade sa proteomika používa a na akých prístrojoch sa tieto experimenty realizujú.
